23 июля 1993 года распоряжением председателя Государственного комитета обороны (ГКО) Нагорно-Карабахской Республики Роберта Кочаряна было основано Министерство иностранных дел НКР.
Внешнеполитическое ведомство НКР было создано в тяжелый период активных боевых действий, когда армяне Арцаха были вынуждены отстаивать свое право на жизнь и свободу в развязанной Азербайджаном войне. Но, несмотря на трудности военного времени, в процессе становления независимой государственности возникла необходимость создания внешнеполитического ведомства, призванного в полной мере представлять и отстаивать интересы молодой республики в дипломатической сфере, осуществлять эффективную и ответственную внешнюю политику. Необходимость создания МИД была также обусловлена тем, что параллельно с продолжающимися военными действиями шли переговоры между представителями конфликтующих сторон, в том числе в рамках сформированной в 1992 году Минской группы СБСЕ/ОБСЕ.
С первого же дня своего создания министерство иностранных дел НКР приняло активное участие в переговорах по урегулированию азербайджано-карабахского конфликта как в рамках Минского процесса, так и в двустороннем формате между Нагорно-Карабахской Республикой и Азербайджаном. Новосозданное МИД НКР внесло свой вклад в достижение в мае 1994 года при посредничестве Российской Федерации соглашения о прекращении огня, которое положило конец широкомасштабным боевым действиям, тем самым переведя конфликт в политическую плоскость.
Сегодня МИД НКР осуществляет деятельность, направленную на:
- международное признание независимости Нагорно-Карабахской Республики;
- достижение окончательного урегулирования азербайджано-карабахского конфликта мирным путем;
- укрепление внешней безопасности НКР;
- представление и защиту интересов республики на внешнеполитической арене;
- развитие и углубление международных связей Арцаха;
- обеспечение внешних благоприятных условий для стабильного экономического развития республики и привлечения иностранных инвестиций;
- укрепление сотрудничества с армянской Диаспорой за рубежом.
Первым министром иностранных дел республики был назначен советник председателя ГКО НКР по политическим вопросам Аркадий Гукасян. В последующие годы МИД возглавляли: Наира Мелкумян, Ашот Гулян, Арман Меликян, Георгий Петросян, Василий Атаджанян (в качестве и.о. министра), Карен Мирзоян, Масис Маилян, Давид Бабаян.
С января 2023 года министром иностранных дел Республики Арцах является Сергей Газарян.